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首次在飞机废水中发现奥密克戎，华大智造测序平台助力新冠公卫监测

来源：深圳新闻网 2022-01-29 15:16:28

读特客户端·深圳新闻网2022年1月29日讯（记者李旖露）记者从华大智造获悉，近日澳大利亚生态科学分局（CSIRO Land and Water）、华大智造等单位的研究人员在Science of the Total Environment期刊发表了题为“Detection of the Omicron （B．1．1．529） variant of SARS－CoV－2 in aircraft wastewater”的文章。研究团队在一架抵达澳大利亚的国际航班飞机废水中，首次成功检测到奥密克戎。这一发现进一步提供了飞机废水作为传染媒介的证据，也证实了飞机废水作为冠状病毒的独立和非侵入性监测点的重要作用。

去年11月26日，世界卫生组织发布超强新冠病毒变异株奥密克戎（B．1．1．529），随后其在全球范围内迅速蔓延，多个国家先后报告了奥密克戎感染病例。最新数据显示，奥密克戎是迄今为止新冠病毒中观察到最多突变的变异株，其中许多突变与增强的传播性、不同的疾病严重程度以及逃避先前产生的免疫反应的能力有关，而这很有可能影响到现有疫苗和药物的疗效。

国际航空是新冠病毒在不同国家之间传播的重要途经之一，虽然加强了监控措施，但仍然有部分乘客被感染。在COVID－19大流行早期，已有报道显示在国际航班的客机废水中成功检测到SARS－CoV－2 RNA的存在，但在客机废水中检测奥密克戎的报道目前尚无。

去年11月29日，澳大利亚报告了第一例奥密克戎病例，该病例乘坐航班回到澳大利亚。根据前期的监测经验，澳大利亚卫生部门推测在飞机的废水样本中可能存在奥密克戎变体。

研究团队从2021年11月抵达澳大利亚的10个航班的厕所排出的废水中收集了聚集的废水样本。研究团队首先采用qPCR检测，发现A12号可能存在奥密克戎毒株，然后对废水样本进行了建库、测序和后续的生物信息学分析。

通过对A12中的变体序列进行深入解析，研究团队发现其与奥密克戎（B．1．1．529）谱系一致，进一步证实了在飞机废水中检测到奥密克戎的事实。

在当前的研究中，研究团队证明了废水监测可以提供将奥密克戎等SARS－CoV－2引入某一地理区域（此例为澳大利亚）的重要信息。截至目前，这是首次在飞机废水中检测到奥密克戎的报告，多方面的证据均证实了这一结果的准确性。

该研究中所应用的基于废水的流行病学研究方案（Wastewater－Based Epidemiology， WBE）可在早于医疗系统检测的时间点发现病毒的存在，同时不受无症状感染者的干扰，这为新冠疫情的管控从另一层面提供了新的预警信息，并能帮助相关部门更加有效地做出公共卫生决策。

华大智造方面透露，在该研究中，奥密克戎的序列确认由华大智造的ATOPlex建库试剂盒联合DNBSEQ测序系统完成，从样本A12中共得到4．8Gb的测序数据、24M条双端reads （100 bp），Q30大于88．3％。在结果分析中，根据reads质量、adapter和未知碱基（N）率对reads进行过滤后，其中96．1％的reads用于下游分析，表明了数据的高质量。

高质量测序数据的获得对于准确诊断病原体具有重要意义。据了解，除了此次在飞机废水中检测到奥密克戎外，华大智造ATOPlex技术和DNBSEQ测序平台还为南非、沙特阿拉伯、瑞典等国奥密克戎变异毒株的溯源和监测提供了强有力的工具保障。